El Archivo Fotográfico y Documental del Museo tiene como objetivos preservar, organizar, describir, investigar y volver accesibles sus materiales, vinculados con la historia institucional y con el patrimonio histórico y antropológico del país.
El archivo reúne documentación de la gestión académica y administrativa del Museo: documentación escrita, fotografías, recortes de prensa, ilustraciones científicas y registros fílmicos. También cuenta con fondos documentales de investigadores.